톤세제 적용 적격기업 확인서발급 사무처리 요령

이 요령은「조세특례제한법 시행령」제104조의7제1항 및 제104조의7제5항의 규정에 따라 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례 적용 요건 충족 여부 확인 등에 필요한 사항을 정하는 것을 목적으로 한다.

「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제104조의10제1항의 규정에 따라 법인세 과세표준 계산 특례를 적용 받으려는 해운기업(이하 "특례해운기업"라 한다)은 운항선박(대선(貸船)한 자사선을 포함한다. 이하 같다)의 제원(諸元) 및 운항 내역을 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례(이하 "톤세"라 한다) 운영 전산시스템(이하 "전산시스템"이라 한다)에 입력해야 한다.

「조세특례제한법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제104조의7제5항에 따라 법인세 과세표준계산특례 적용신청을 하려는 경우에는 별지 제1호서식의 "해운기업의 법인세 과세표준계산특례 적용요건 확인 신청서"에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 과세표준 신고기한 30일 전까지 해양수산부장관에게 그 발급을 신청해야 한다. 다만, 특례적용 대상기간에 속하는 제2차 사업연도부터는 별지 제2호서식의 "해운기업의 법인세 과세표준계산특례 요건명세서 확인 신청서"에 의하여 신청해야 한다.

1. 운항선박 내역(별지 제3호서식)

2. 선박제원 관련 서류(신규 및 변경선박에 한정)

가. 선박국적증서 각 1부(외국적선에 한정)

나. 국제톤수증서 각 1부(외국적선에 한정)

다. 재화중량톤수 입증서류 각 1부(외국적선에 한정)

라. 적재TEU증서(컨테이너선 중 공동운항투입선박 및 용선(傭船)비율이 100% 미만일 경우에 한정)

3. 운항선박 내역에 관한 서류

가. 선박확보방법 증빙서류 1부

나. 운항(운영)방법 증빙서류 1부

다. 선적 TEU 증빙서류 1부

제3조에 따른 신청이 있는 경우 해양수산부장관은 그 신청사항에 따른 요건 충족여부를 확인하여 별지 제4호서식에 따른 "해운기업의 법인세 과세표준 특례적용 확인서"를 발급해야 한다. 다만, 제3조의 단서에 따른 신청이 있을 경우 별지 제5호서식에 의한 확인서를 발급한다.

특례해운기업이 법 제104조의10제2항의 규정에 따른 과세표준계산 특례기간 동안 영 제104조의7제1항의 요건을 충족하지 못한 경우 해양수산부장관은 이를 해당 기업과 국세청장에게 지체 없이 통보해야 한다.

① 특례해운기업으로서의 요건이 충족되지 않았다는 통보를 받은 해운기업은 그 통보를 받은 날로부터 7일 이내에 해양수산부장관에게 이의신청을 할 수 있다.

② 제1항의 규정에 따라 이의신청을 받은 해양수산부장관은 이의신청이 있는 날로부터 15일 이내에 특례해운기업으로서의 요건 충족 여부를 확인하고 그 결과를 당해 기업에 통보해야 한다.

특례해운기업은 영 제104조의7제10항에 따라 별지 제6호서식의 "특례해운기업 투자계획서"에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 과세표준 신고기한 30일 전까지 해양수산부장관에게 제출해야 한다.

1. 세부 투자계획서(선박 보유현황 포함)

2. 투자 이행 증빙서류

해양수산부장관은 이 예규에 대하여「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 2025년 1월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 12월 31일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 해야 한다.