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【원고, 피상고인】 대한예수교장로회 대성교회 소송대리인 변호사 조헌수
【피고, 상고인】 동작세무서장
【원심판결】 서울고등법원 1994.12.16. 선고 94구16955 판결
【주 문】
원심판결을 파기하고, 이 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 피고소송수행자의 상고이유에 대하여 본다.
원심판결 이유에 의하면, 원심은 거시 증거에 의하여 원고가 1990.6.8. 공군 제6546부대가 실시한 국유재산매각경쟁입찰에서 서울 구로구 (주소 생략) 외 10필지 토지 84,020㎡와 그 지상 연와조 건물 1동 외 36동 건평 5,249㎡, 공작물 21식 및 입목 530주(이하 이 사건 전체부동산이라 한다)를 총액 10,965,583,520원에 낙찰받아 취득하였다가 같은 해 9.18. 이 사건 전체부동산 중 일부인 (주소 생략) 외 2필지 토지 8,362㎡와 그 지상 연와조 건물 1동 외 2동 건평 538.09㎡ 및 공작물 2식(이하 이 사건 양도부동산이라 한다)을 소외인 외 22명에게 금 5,565,241,000원에 매도한 다음 위 양도가액과 위 공군부대장이 구로구청장에게 통보한 가액(금 5,760,100,000원)을 기준으로 양도차익을 계산하여 1991.1.12. 피고에게 1990사업년도 법인세(특별부가세)를 신고 납부한 사실, 그런데 피고는 양도가액은 그대로 인정하면서 취득가액에 대하여는 이 사건 양도부동산 중 토지 3필지에 대하여 구 법인세법시행령(1990.12.31. 대통령령 제13195호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제124조의2 제3항 제2호가 규정하는 방법에 따라 계산한 취득가액을 기준으로 하여 양도차익을 산정하여 1993.4.16. 원고에 대하여 1990년 귀속 수시분 법인세(특별부가세) 금750,311,610원, 방위세 금 151,215,610원의 부과처분을 한 사실을 인정한 다음, 이 사건 양도부동산의 각개의 취득가액이 분명하게 드러나므로 위 실제의 취득가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 함에도 피고가 위 구 법인세법시행령 제124조의2 제3항 제2호가 규정하는 방법에 의하여 계산한 취득가액을 기준으로 산정한 것은 위법하다는 원고의 주장에 대하여, 원고가 이 사건 전체 부동산에 관하여 각개의 부동산의 가격을 정함이 없이 총액으로 낙찰을 받았다면 이러한 경우에는 각개의 부동산의 취득가액은 불분명하다 할 것이고, 따라서 이 사건 양도부동산의 취득가액도 불분명하다는 이유로 이를 배척하면서도 이 사건 양도부동산의 양도차익을 산정함에 있어서는 취득가액 및 양도가액 모두 위 구 법인세법시행령 제124조의2 제3항 제2호가 규정하는 방법에 따라 계산한 금액을 기준으로 산정하여야 할 것인데도 피고가 취득가액과 양도가액 모두를 위 시행령이 정하는 방법에 따라 계산하지 아니하고 양도가액을 실지거래가액을 기준으로 하여 이 사건 양도부동산의 양도차익을 산정한 위법이 있다는 이유로 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구를 인용하였다.
그러나 원심이 인정한 사실과 같이 원고가 1990.6.8. 이 사건 전체 부동산을 총액 금 10,965,583,520원에 낙찰받아 취득한 다음 1990.9.18. 그 중 이 사건 양도부동산을 금 5,565,241,000원에 양도하였다면, 이 사건 양도부동산의 양도가액은 명백하며 한편, 취득가액에 관하여서는 전체 자산의 취득가액은 명백하지만 취득시 취득자산 각개의 가액을 정하지 아니하고 일괄적으로 취득한 관계로 이 사건 양도부동산의 취득가액이 구분되어 있지 아니한 경우로서 이는 위 법 시행령 제124조의2 제3항에서 말하는 "토지, 건물 기타 자산의 가액의 구분이 불분명한 때"에 해당되어 위 법 시행령 제124조의2 제3항 제2호가 규정하는 방법에 따라 이 사건 양도부동산의 취득가액을 안분계산할 수 있다고 할 것이며, 이 사건 양도부동산의 취득가액이 불분명한 경우는 아니라고 할 것이다. 따라서 이 사건 양도부동산의 양도차익은 이 사건 양도부동산의 실제의 양도가액과 위 법 시행령 제124조의2 제3항 제2호가 규정하는 방법에 따라 계산한 취득가액을 기준으로 하여 산정하여야 할 것이다.
그럼에도 불구하고 원심이 그 판시와 같은 이유를 들어 이 사건 처분이 위법하다고 한 것은 특별부가세에 있어서 양도차익의 산정에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 것이다(다만 원고는 소장에서 이 사건 양도부동산을 위 양도가액으로 양도하였다고 주장하면서도 양도자산목록에서는 특별부가세의 과세대상이 되지 아니하는 입목까지도 양도한 것으로 기재하고 있는 반면, 피고는 이 사건 양도부동산의 양도차익을 산정함에 있어 이 사건 양도부동산의 가액을 양도가액으로 하면서도 이 사건 양도부동산 중 토지의 취득가액만을 공제하고 있음을 엿볼 수 있는바, 그렇다면 원심으로서는 원고가 양도한 자산이 어떠한 것인지, 그 자산의 취득가액이 공제된 것인지의 여부 등을 확정하여야 할 것임을 덧붙여 둔다).
이에 원심판결을 파기하고, 이 사건을 다시 심리·판단케 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 지창권(재판장) 천경송(주심) 안용득 신성택