대법원
일반행정
2006두12494
신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자하는 경우에 그 신설법인이 취득하는 재산의 의미
법원: 대법원
선고일: 2008년 10월 23일
선고:
판시사항
판결요지
현물출자에 따라 취득하는 재산’이라 함은 제38조의 규정에 의하여 ‘신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자하는 경우에 그 신설법인이 취득하는 재산’을 의미하는 것으로 해석함이 상당하고, 이와 달리 현물출자 자산의 양도차익에 대한 과세이연 규정의 적용 대상인 재산에 한정하여 해석할 것은 아니다.
참조조문
참조판례
판결 전문
【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용은 피고들이 부담한다.
【이유】
상고이유(기간이 지난 후 제출된 보충상고는 이를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법’이라 한다) 제120조 제1항 제6호는 ‘제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산’의 취득에 대하여 취득세를 면제한다는 취지로 규정하고 있고, 구 법 제38조 제1항 제1호, 제2호는 ‘신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 주식 또는 대통령령이 정하는 자산을 현물출자하는 경우에 그 당해 주식 또는 자산의 양도차익 상당액에 대하여 과세를 이연 받을 수 있다’는 취지로 규정하고 있는바, 구 법 제38조 제1항 제2호의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제35조 제1항 제3호 및 구 조세특례제한법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2항, 구 조세특례제한법 시행규칙(2008. 4. 29. 부령 제16호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 등의 규정에 의하면, 구 법 제38조 제1항 제2호 소정의 ‘대통령령이 정하는 자산’에 광업권 등의 무형고정자산은 포함되어 있지 않다.
그런데 구 법 제38조는 현물출자를 하는 법인에게 적용되는 규정이고, 구 법 제120조 제1항 제6호는 현물출자에 의하여 신설되는 법인에게 적용되는 규정으로서, 신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자한 재산 중 양도차익에 대한 과세이연을 적용받을 수 있는 재산과 그 현물출자한 재산의 취득에 따른 취득세를 면제받을 수 있는 재산을 어느 범위로 정할 것인가는 입법정책에 관한 문제이므로 반드시 그 범위가 일치하여야 하는 것은 아니며, 과세이연 규정인 구 법 제38조에서 정한 자산의 범위에 광업권 등의 무형고정자산이 포함되어 있지 않더라도 구 법 제120조 제1항 제6호는 취득세를 면제받을 수 있는 범위를 ‘재산’이라고만 규정하고 있고, 다만 그 재산의 취득이 구 법 제38조의 규정에 의한 현물출자에 의하여 이루어질 것을 요구하고 있을 뿐이므로, 구 법 제120조 제1항 제6호에서 ‘제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산’이라 함은 제38조의 규정에 의하여 ‘신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자하는 경우에 그 신설법인이 취득하는 재산’을 의미하는 것으로 해석함이 상당하고, 이와 달리 현물출자 자산의 양도차익에 대한 과세이연 규정의 적용 대상인 재산에 한정하여 해석할 것은 아니라고 하겠다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두13695 판결 참조).
같은 취지에서 원심이, 원고의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인인 소외 회사의 현물출자에 따라 원고가 취득한 이 사건 광업권이 구 법제120조 제1항 제6호 소정의 취득세 면제대상 재산에 해당한다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 주장하는 바와 같은 법리오해 등의 위법이 없다.
그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2006. 6. 21. 선고 2005누23581 판결】
【주문】 처분청패소
항소를 기각한다.
항소비용은 피고들이 부담한다.
【이유】
1. 당원의 심판범위
원고가 피고들을 상대로 제1심에서 별지 목록 제1, 2항 기재 처분의 각 취소를 구하여 별지 목록 제1항 기재 각 처분의 취소를 구하는 부분은 인용되고, 별지 목록 제2항 기재 각 처분의 취소를 구하는 부분은 기각된 제1심 판결에 대하여 피고들만이 그 패소부분에 대하여 항소를 제기하고 있음이 기록상 명백하므로, 별지 목록 제1항 기재 각 처분의 취소를 구하는 부분만이 이 법원의 심판대상이 된다 할 것이니 이에 대하여 판단하기로 한다.
2. 제1심 판결의 인용
이 법원의 판결이유는 제1심 판결 이유란 중 별지 목록 제1항 기재 각 처분에 대한 해당부분의 기재와 같으므로행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.
3. 결 론
그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 피고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-춘천지방법원 2005. 9. 8. 선고 2002구합2077 판결】
【주문】 처분청패소
1. 피고들이 2002. 4. 6. 원고에 대하여 한 별지 목록 제1항 기재 각 처분을 취소한다.
2. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 모두 기각한다.
3. 소송비용은 이를 10분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고들의 각 부담으로 한다.
【이유】
1. 처분의 경위
다음의 각 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 4, 5, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
가. 원고는 시멘트 제품의 제조, 연구 및 개발업, 시멘트 완제품의 수입 및 수출업 등에 종사할 목적으로 2002. 3. 6. 설립된 법인이다.
나. ○○○ 주식회사(2002. 3. 6. 당시 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이다, 이하 ‘소외 회사’라고 한다)는 2002. 2. 15. 당시 설립 중에 있던 원고와 사이에 그 영업 중 시멘트 사업부문과 관련된 토지, 건물 및 광업권 등의 유무형자산(평가금액 합계 1,213,293,821,000원 상당)을 현물출자하고, 그 대가로 위 자산의 평가금액에서 원고가 승계하기로 한 합계 663,293,986,000원의 채무를 공제한 차액 549,999,835,000원을 현물출자가액으로 하여 원고의 액면가 5,000원짜리 보통주 9,999,997주를 1주당 55,000원에 교부받기로 약정하였고, 그 후 위 약정에 따른 현물출자이행절차를 완료하였다.
다. 한편, 원고는 설립등기를 마친 직후인 2002. 3. 8. 소외 회사로부터 현물출자받은 토지, 건물 및 광업권 등에 관하여 위 현물출자약정을 원인으로 한 이전등기 및 이전등록을 마쳤다.
라. 그 후 원고는 위와 같이 소외 회사로부터 현물출자약정을 원인으로 하여 이전받은 자산 중 광업권과 관련하여 2002. 4. 6. ① 피고 ○○○시장에게 광업권 8건(제27807호 외 7건)의 취득에 관하여 과세표준(현물출자승인가액, 이하 같다)을 9,128,200,000원으로 하여, ② 피고 ○○○시장에게 광업권 68건(제26565호 외 67건)의 취득에 관하여 과세표준을 199,817,228,000원으로 하여, ③ 피고 ○○○시장에게 광업권 1건(제70212호)의 취득에 관하여 과세표준을 73,374,000원으로 하여, ④ 피고 ○○○군수에게 광업권 1건(제71185호)의 취득에 관하여 과세표준을 27,111,000원으로 하여 별지 목록 기재와 같이 취득세 및 농어촌특별세를 각 신고납부하였다(이하 별지 목록 제1항 기재 각 처분을 포괄하여 ‘이 사건 취득세 처분’, 별지 목록 제2항 기재 각 처분을 포괄하여 ‘이 사건 농어촌특별세 처분’이라고 하고, 이를 모두 포괄하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 관계 법령
별지 기재와 같다.
나. 당사자들의 주장
(1) 피고들은, 별지 관계 법령의 규정들을 종합하여 보면, 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하는 경우, 그 신설법인이 현물출자에 의하여 취득한 재산 중 광업권과 같은 무형고정자산은 취득세의 면제 대상에서 제외되어 있으므로, 이 사건 처분은 관계 법령에 따른 것으로서 적법하다고 주장한다.
(2) 이에 대하여 원고는, 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호에서는 취득세 면제 대상을 "제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산"이라고 규정하고 있는데, 현물출자의 대상이 되는 재산에는 토지, 건물 등의 유형고정자산뿐만 아니라 광업권, 특허권 등의 무형고정자산도 모두 포함되는 것이므로, 모법인 조세특례제한법의 위임 취지와 달리 광업권과 같은 무형고정자산을 취득세의 면제 대상이 되는 현물출자 재산에서 제외한 같은 법 시행령 및 시행규칙에 근거한 이 사건 처분은 위법하다는 취지로 주장한다.
다. 판단
(1) 이 사건 취득세 처분의 적법 여부
(가) 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호 및 제38조는 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하는 경우 현물출자에 따라 취득한 재산에 대한 취득세의 면제 및 현물출자에 따른 자산의 양도차익 상당액을 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있는 특례에 관하여 규정하고 있는 조항들로서, 기업들이 그동안 방만하게 운영하여 온 사업들을 각 분야별로 나누어서 특화하여 새로운 법인으로 하여금 전문적인 경영을 하도록 함으로써 회사의 경쟁력을 강화하고 회사의 재무구조를 건전하게 하도록 유도하기 위하여, 즉, 현물출자를 통한 기업의 구조조정을 세제상으로 지원하기 위하여 마련된 과세특례제도이다.
(나) 한편, 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호 및 제38조의 변천과정을 살펴보면 다음과 같다.
① 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하는 경우에 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익을 손금에 산입하고 현물출자에 따라 취득한 재산의 취득세를 면제하는 과세특례제도는 1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정된 구 조세감면규제법에서 처음 규정되었는데, 당시 구 조세감면규제법 제114조 제1항 제6호에서는 "제40조의4의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 사업용재산"을 취득세 면제 대상으로 규정하고 있었고, 같은 법 제40조의4 제1항 제1호에서는 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하면서 자산의 양도차익을 손금에 산입할 수 있는 현물출자 대상을 "대통령령이 정하는 사업을 5년 이상 계속하여 영위하던 내국법인이 그 사업에 직접 사용하던 자산"으로 규정하고 있었다.
② 그 후 조세감면규제법은 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 조세특례제한법(이하 ‘법’이라고 한다)으로 전문개정되었는데, 당시 법 제120조 제1항 제6호에서는 "제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산"을 취득세 면제 대상으로 규정하였고, 법 제38조 제1항에서는 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하면서 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있는 현물출자 대상인 자산의 구체적인 범위를 대통령령에 위임하였는데, 1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문개정된 법 시행령 제35조 제1항에서는 "법 제38조 제1항에서‘대통령령이 정하는 자산’이라 함은 법인이 사업에 직접 사용하던 자산 및 주식"을 말한다고 규정하고 있었다.
③ 그 후 법 제38조는 과세특례의 시한, 현물출자를 하는 내국법인의 요건 및 현물출자에 의하여 설립되는 내국법인의 범위 등에 관하여 몇 차례의 개정을 거쳐 2001. 12. 29. 현재의 법 제38조로 되었고, 법 제38조 제1항 제2호 소정의 자산의 양도차익 상당액을 손금에 산입할 수 있는 현물출자 대상인 자산에 관하여는 2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 법 시행령 제35조 제1항 제3호, 제3조 제1항에서 그 구체적인 범위를 재정경제부령에 재위임하였는데, 2000. 3. 30. 재정경제부령 제132호로 개정된 법 시행규칙 제3조 제1항 제1호에서는 "법인세법시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다)"이라고 규정함으로써 처음으로 법 제38조가 적용되는 현물출자 대상에서 광업권, 특허권 등의 무형고정자산을 제외하였다.
④ 그 후 법 제38조가 적용되는 현물출자 대상인 자산에서 광업권, 특허권 등의 무형고정자산을 제외한 위 법 시행령 및 시행규칙은 조문의 위치에는 약간의 변동이 있었으나 그 내용은 계속 유지되어 왔고, 한편, 법 제38조의 과세특례의 적용대상인 현물출자 자산의 범위가 위와 같이 개정된 것과는 달리 법 제120조 제1항 제6호는 1998. 12. 28. 이후 개정되지 아니한 채 그대로 유지되어 왔다.
(다) 위와 같은 입법취지 및 법령의 변천과정을 종합하여 보면, 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하는 경우 그 현물출자한 재산 중 자산의 양도차익 상당액을 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있는 재산과 그 취득에 따른 취득세를 면제받을 수 있는 재산을 어느 범위까지로 정할 것인가는 입법정책에 관한 문제로서 반드시 그 범위가 일치하여야 하는 것은 아니라 할 것인바, 법 제38조 제1항 제2호 및 그에 따른 법 시행령 제35조 제1항 제3호, 제3조 제2항, 법 시행규칙 제3조 제1항 제1호의 규정이 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하면서 자산의 양도차익 상당액을 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있는 재산에서 광업권과 같은 무형고정자산을 제외하고 있다고 하더라도, 법 제120조 제1항 제6호는 그 면세의 대상이 되는 재산의 범위를 위와 같이 한정하지 아니하고 널리 "재산"으로 규정하고 다만 그 재산의 취득이 법 제38조의 규정에 의한 현물출자에 의하여 이루어질 것을 요구하고 있을 뿐인 점, 법 제120조 제1항 제6호가 현물출자되는 재산에 대하여 취득세를 면제하는 취지는 이 경우 실질적으로는 동일한 사업 법인이 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 재산 이전에 따르는 취득세를 부과할 필요가 적음과 더불어 기업의 구조조정을 촉진함에 있다는 점에 비추어 볼 때, 법 제120조 제1항 제6호에서 "제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산"이라 함은 법 제38조의 규정에 의하여 "신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 그 신설법인에 현물출자하여 취득하는 재산"을 의미한다고 볼 것이지, 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하는 경우에 자산의 양도차익 상당액을 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있는 재산의 범위에 맞추어 광업권, 특허권과 같은 무형고정자산은 제외된다고 한정하여 해석할 것은 아니라고 할 것이다( 대법원 2003. 3. 14. 선고 2002두12182 판결 참조).
(라) 따라서, 이와 달리 소외 회사가 원고에게 현물출자한 광업권이 법 제120조 제1항 제6호 소정의 취득세의 면제 대상에 해당되지 아니한다는 것을 전제로 한 이 사건 취득세 처분은 위법하다고 할 것이다.
(2) 이 사건 농어촌특별세 처분의 적법 여부
다음으로 이 사건 농어촌특별세 처분의 적법 여부에 관하여 살피건대, 원고가 소외 회사의 현물출자에 따라 취득한 광업권에 대한 취득세를 법 제120조 제1항 제6호에 의하여 면제받게 됨은 앞서 검토한 것과 같은바, 별지 관계 법령의 농어촌특별세법의 각 규정에 의하면, 이와 같은 경우 원고는 그 취소를 구하는 농어촌특별세액의 2배 상당액의 농어촌특별세{피고 ○○○시장에 대하여 36,512,800원(= 182,564,000원 x 0.2), 피고 ○○○시장에 대하여 799,268,910원(= 3,996,344,560원 x 0.2), 피고 ○○○시장에 대하여 293,490원(= 1,467,480원 x 0.2), 피고 ○○○군수에 대하여 108,440원(= 542,220원 x 0.2)}를 납부할 의무가 있으므로, 결국 이 사건 농어촌특별세 처분은 정당한 세액의 범위 내로서 적법하다고 할 것이다.
3. 결론
그렇다면, 원고의 피고들에 대한 이 사건 청구 중 이 사건 취득세 처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있으므로 이를 각 인용하고, 이 사건 농어촌특별세 처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용은 피고들이 부담한다.
【이유】
상고이유(기간이 지난 후 제출된 보충상고는 이를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법’이라 한다) 제120조 제1항 제6호는 ‘제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산’의 취득에 대하여 취득세를 면제한다는 취지로 규정하고 있고, 구 법 제38조 제1항 제1호, 제2호는 ‘신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 주식 또는 대통령령이 정하는 자산을 현물출자하는 경우에 그 당해 주식 또는 자산의 양도차익 상당액에 대하여 과세를 이연 받을 수 있다’는 취지로 규정하고 있는바, 구 법 제38조 제1항 제2호의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제35조 제1항 제3호 및 구 조세특례제한법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2항, 구 조세특례제한법 시행규칙(2008. 4. 29. 부령 제16호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 등의 규정에 의하면, 구 법 제38조 제1항 제2호 소정의 ‘대통령령이 정하는 자산’에 광업권 등의 무형고정자산은 포함되어 있지 않다.
그런데 구 법 제38조는 현물출자를 하는 법인에게 적용되는 규정이고, 구 법 제120조 제1항 제6호는 현물출자에 의하여 신설되는 법인에게 적용되는 규정으로서, 신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자한 재산 중 양도차익에 대한 과세이연을 적용받을 수 있는 재산과 그 현물출자한 재산의 취득에 따른 취득세를 면제받을 수 있는 재산을 어느 범위로 정할 것인가는 입법정책에 관한 문제이므로 반드시 그 범위가 일치하여야 하는 것은 아니며, 과세이연 규정인 구 법 제38조에서 정한 자산의 범위에 광업권 등의 무형고정자산이 포함되어 있지 않더라도 구 법 제120조 제1항 제6호는 취득세를 면제받을 수 있는 범위를 ‘재산’이라고만 규정하고 있고, 다만 그 재산의 취득이 구 법 제38조의 규정에 의한 현물출자에 의하여 이루어질 것을 요구하고 있을 뿐이므로, 구 법 제120조 제1항 제6호에서 ‘제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산’이라 함은 제38조의 규정에 의하여 ‘신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자하는 경우에 그 신설법인이 취득하는 재산’을 의미하는 것으로 해석함이 상당하고, 이와 달리 현물출자 자산의 양도차익에 대한 과세이연 규정의 적용 대상인 재산에 한정하여 해석할 것은 아니라고 하겠다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두13695 판결 참조).
같은 취지에서 원심이, 원고의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인인 소외 회사의 현물출자에 따라 원고가 취득한 이 사건 광업권이 구 법제120조 제1항 제6호 소정의 취득세 면제대상 재산에 해당한다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 주장하는 바와 같은 법리오해 등의 위법이 없다.
그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2006. 6. 21. 선고 2005누23581 판결】
【주문】 처분청패소
항소를 기각한다.
항소비용은 피고들이 부담한다.
【이유】
1. 당원의 심판범위
원고가 피고들을 상대로 제1심에서 별지 목록 제1, 2항 기재 처분의 각 취소를 구하여 별지 목록 제1항 기재 각 처분의 취소를 구하는 부분은 인용되고, 별지 목록 제2항 기재 각 처분의 취소를 구하는 부분은 기각된 제1심 판결에 대하여 피고들만이 그 패소부분에 대하여 항소를 제기하고 있음이 기록상 명백하므로, 별지 목록 제1항 기재 각 처분의 취소를 구하는 부분만이 이 법원의 심판대상이 된다 할 것이니 이에 대하여 판단하기로 한다.
2. 제1심 판결의 인용
이 법원의 판결이유는 제1심 판결 이유란 중 별지 목록 제1항 기재 각 처분에 대한 해당부분의 기재와 같으므로행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.
3. 결 론
그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 피고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-춘천지방법원 2005. 9. 8. 선고 2002구합2077 판결】
【주문】 처분청패소
1. 피고들이 2002. 4. 6. 원고에 대하여 한 별지 목록 제1항 기재 각 처분을 취소한다.
2. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 모두 기각한다.
3. 소송비용은 이를 10분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고들의 각 부담으로 한다.
【이유】
1. 처분의 경위
다음의 각 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 4, 5, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
가. 원고는 시멘트 제품의 제조, 연구 및 개발업, 시멘트 완제품의 수입 및 수출업 등에 종사할 목적으로 2002. 3. 6. 설립된 법인이다.
나. ○○○ 주식회사(2002. 3. 6. 당시 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이다, 이하 ‘소외 회사’라고 한다)는 2002. 2. 15. 당시 설립 중에 있던 원고와 사이에 그 영업 중 시멘트 사업부문과 관련된 토지, 건물 및 광업권 등의 유무형자산(평가금액 합계 1,213,293,821,000원 상당)을 현물출자하고, 그 대가로 위 자산의 평가금액에서 원고가 승계하기로 한 합계 663,293,986,000원의 채무를 공제한 차액 549,999,835,000원을 현물출자가액으로 하여 원고의 액면가 5,000원짜리 보통주 9,999,997주를 1주당 55,000원에 교부받기로 약정하였고, 그 후 위 약정에 따른 현물출자이행절차를 완료하였다.
다. 한편, 원고는 설립등기를 마친 직후인 2002. 3. 8. 소외 회사로부터 현물출자받은 토지, 건물 및 광업권 등에 관하여 위 현물출자약정을 원인으로 한 이전등기 및 이전등록을 마쳤다.
라. 그 후 원고는 위와 같이 소외 회사로부터 현물출자약정을 원인으로 하여 이전받은 자산 중 광업권과 관련하여 2002. 4. 6. ① 피고 ○○○시장에게 광업권 8건(제27807호 외 7건)의 취득에 관하여 과세표준(현물출자승인가액, 이하 같다)을 9,128,200,000원으로 하여, ② 피고 ○○○시장에게 광업권 68건(제26565호 외 67건)의 취득에 관하여 과세표준을 199,817,228,000원으로 하여, ③ 피고 ○○○시장에게 광업권 1건(제70212호)의 취득에 관하여 과세표준을 73,374,000원으로 하여, ④ 피고 ○○○군수에게 광업권 1건(제71185호)의 취득에 관하여 과세표준을 27,111,000원으로 하여 별지 목록 기재와 같이 취득세 및 농어촌특별세를 각 신고납부하였다(이하 별지 목록 제1항 기재 각 처분을 포괄하여 ‘이 사건 취득세 처분’, 별지 목록 제2항 기재 각 처분을 포괄하여 ‘이 사건 농어촌특별세 처분’이라고 하고, 이를 모두 포괄하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 관계 법령
별지 기재와 같다.
나. 당사자들의 주장
(1) 피고들은, 별지 관계 법령의 규정들을 종합하여 보면, 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하는 경우, 그 신설법인이 현물출자에 의하여 취득한 재산 중 광업권과 같은 무형고정자산은 취득세의 면제 대상에서 제외되어 있으므로, 이 사건 처분은 관계 법령에 따른 것으로서 적법하다고 주장한다.
(2) 이에 대하여 원고는, 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호에서는 취득세 면제 대상을 "제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산"이라고 규정하고 있는데, 현물출자의 대상이 되는 재산에는 토지, 건물 등의 유형고정자산뿐만 아니라 광업권, 특허권 등의 무형고정자산도 모두 포함되는 것이므로, 모법인 조세특례제한법의 위임 취지와 달리 광업권과 같은 무형고정자산을 취득세의 면제 대상이 되는 현물출자 재산에서 제외한 같은 법 시행령 및 시행규칙에 근거한 이 사건 처분은 위법하다는 취지로 주장한다.
다. 판단
(1) 이 사건 취득세 처분의 적법 여부
(가) 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호 및 제38조는 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하는 경우 현물출자에 따라 취득한 재산에 대한 취득세의 면제 및 현물출자에 따른 자산의 양도차익 상당액을 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있는 특례에 관하여 규정하고 있는 조항들로서, 기업들이 그동안 방만하게 운영하여 온 사업들을 각 분야별로 나누어서 특화하여 새로운 법인으로 하여금 전문적인 경영을 하도록 함으로써 회사의 경쟁력을 강화하고 회사의 재무구조를 건전하게 하도록 유도하기 위하여, 즉, 현물출자를 통한 기업의 구조조정을 세제상으로 지원하기 위하여 마련된 과세특례제도이다.
(나) 한편, 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호 및 제38조의 변천과정을 살펴보면 다음과 같다.
① 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하는 경우에 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익을 손금에 산입하고 현물출자에 따라 취득한 재산의 취득세를 면제하는 과세특례제도는 1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정된 구 조세감면규제법에서 처음 규정되었는데, 당시 구 조세감면규제법 제114조 제1항 제6호에서는 "제40조의4의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 사업용재산"을 취득세 면제 대상으로 규정하고 있었고, 같은 법 제40조의4 제1항 제1호에서는 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하면서 자산의 양도차익을 손금에 산입할 수 있는 현물출자 대상을 "대통령령이 정하는 사업을 5년 이상 계속하여 영위하던 내국법인이 그 사업에 직접 사용하던 자산"으로 규정하고 있었다.
② 그 후 조세감면규제법은 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 조세특례제한법(이하 ‘법’이라고 한다)으로 전문개정되었는데, 당시 법 제120조 제1항 제6호에서는 "제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산"을 취득세 면제 대상으로 규정하였고, 법 제38조 제1항에서는 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하면서 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있는 현물출자 대상인 자산의 구체적인 범위를 대통령령에 위임하였는데, 1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문개정된 법 시행령 제35조 제1항에서는 "법 제38조 제1항에서‘대통령령이 정하는 자산’이라 함은 법인이 사업에 직접 사용하던 자산 및 주식"을 말한다고 규정하고 있었다.
③ 그 후 법 제38조는 과세특례의 시한, 현물출자를 하는 내국법인의 요건 및 현물출자에 의하여 설립되는 내국법인의 범위 등에 관하여 몇 차례의 개정을 거쳐 2001. 12. 29. 현재의 법 제38조로 되었고, 법 제38조 제1항 제2호 소정의 자산의 양도차익 상당액을 손금에 산입할 수 있는 현물출자 대상인 자산에 관하여는 2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 법 시행령 제35조 제1항 제3호, 제3조 제1항에서 그 구체적인 범위를 재정경제부령에 재위임하였는데, 2000. 3. 30. 재정경제부령 제132호로 개정된 법 시행규칙 제3조 제1항 제1호에서는 "법인세법시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다)"이라고 규정함으로써 처음으로 법 제38조가 적용되는 현물출자 대상에서 광업권, 특허권 등의 무형고정자산을 제외하였다.
④ 그 후 법 제38조가 적용되는 현물출자 대상인 자산에서 광업권, 특허권 등의 무형고정자산을 제외한 위 법 시행령 및 시행규칙은 조문의 위치에는 약간의 변동이 있었으나 그 내용은 계속 유지되어 왔고, 한편, 법 제38조의 과세특례의 적용대상인 현물출자 자산의 범위가 위와 같이 개정된 것과는 달리 법 제120조 제1항 제6호는 1998. 12. 28. 이후 개정되지 아니한 채 그대로 유지되어 왔다.
(다) 위와 같은 입법취지 및 법령의 변천과정을 종합하여 보면, 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하는 경우 그 현물출자한 재산 중 자산의 양도차익 상당액을 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있는 재산과 그 취득에 따른 취득세를 면제받을 수 있는 재산을 어느 범위까지로 정할 것인가는 입법정책에 관한 문제로서 반드시 그 범위가 일치하여야 하는 것은 아니라 할 것인바, 법 제38조 제1항 제2호 및 그에 따른 법 시행령 제35조 제1항 제3호, 제3조 제2항, 법 시행규칙 제3조 제1항 제1호의 규정이 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하면서 자산의 양도차익 상당액을 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있는 재산에서 광업권과 같은 무형고정자산을 제외하고 있다고 하더라도, 법 제120조 제1항 제6호는 그 면세의 대상이 되는 재산의 범위를 위와 같이 한정하지 아니하고 널리 "재산"으로 규정하고 다만 그 재산의 취득이 법 제38조의 규정에 의한 현물출자에 의하여 이루어질 것을 요구하고 있을 뿐인 점, 법 제120조 제1항 제6호가 현물출자되는 재산에 대하여 취득세를 면제하는 취지는 이 경우 실질적으로는 동일한 사업 법인이 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 재산 이전에 따르는 취득세를 부과할 필요가 적음과 더불어 기업의 구조조정을 촉진함에 있다는 점에 비추어 볼 때, 법 제120조 제1항 제6호에서 "제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산"이라 함은 법 제38조의 규정에 의하여 "신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 그 신설법인에 현물출자하여 취득하는 재산"을 의미한다고 볼 것이지, 내국법인이 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하는 경우에 자산의 양도차익 상당액을 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있는 재산의 범위에 맞추어 광업권, 특허권과 같은 무형고정자산은 제외된다고 한정하여 해석할 것은 아니라고 할 것이다( 대법원 2003. 3. 14. 선고 2002두12182 판결 참조).
(라) 따라서, 이와 달리 소외 회사가 원고에게 현물출자한 광업권이 법 제120조 제1항 제6호 소정의 취득세의 면제 대상에 해당되지 아니한다는 것을 전제로 한 이 사건 취득세 처분은 위법하다고 할 것이다.
(2) 이 사건 농어촌특별세 처분의 적법 여부
다음으로 이 사건 농어촌특별세 처분의 적법 여부에 관하여 살피건대, 원고가 소외 회사의 현물출자에 따라 취득한 광업권에 대한 취득세를 법 제120조 제1항 제6호에 의하여 면제받게 됨은 앞서 검토한 것과 같은바, 별지 관계 법령의 농어촌특별세법의 각 규정에 의하면, 이와 같은 경우 원고는 그 취소를 구하는 농어촌특별세액의 2배 상당액의 농어촌특별세{피고 ○○○시장에 대하여 36,512,800원(= 182,564,000원 x 0.2), 피고 ○○○시장에 대하여 799,268,910원(= 3,996,344,560원 x 0.2), 피고 ○○○시장에 대하여 293,490원(= 1,467,480원 x 0.2), 피고 ○○○군수에 대하여 108,440원(= 542,220원 x 0.2)}를 납부할 의무가 있으므로, 결국 이 사건 농어촌특별세 처분은 정당한 세액의 범위 내로서 적법하다고 할 것이다.
3. 결론
그렇다면, 원고의 피고들에 대한 이 사건 청구 중 이 사건 취득세 처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있으므로 이를 각 인용하고, 이 사건 농어촌특별세 처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.